MongoDB採用Document Base的資料模型，每筆資料(對應到傳統資料庫的Row)被稱為一個文檔，以類似JSON的文檔(Document)構建及儲存。基於JSON的規格特性，MongoDB可以在欄位中儲存其他文檔，自然形成目錄般的多層結構，稱為次級結構；MongoDB內建多值支援，可以在欄位中儲存多值陣列，無需另開表格。陣列欄位可被用戶充份掌握，不但可以在上面建立索引也可以針對陣列中的個別元素進行搜尋與更新等操作，也可動態追加或刪除其中的任意元素。

文檔資料庫對於開發人員而言既自然又靈活，因此開發人員能確保更高的生產力，並根據應用程式的需求更快地進行開發。作為一種NoSQL資料庫，文檔資料模型已成為關聯式資料庫的流行替代方案。